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分子量是有機(jī)化合物基本的理化性質(zhì)參數(shù)。分子量正確與否往往代表著所測定的有機(jī)化合物及生物大分子的結(jié)構(gòu)正確與否。分子量也是多肽、蛋白質(zhì)等鑒定中首要的參數(shù)，也是基因工程產(chǎn)品報批的重要數(shù)據(jù)之一。

蛋白質(zhì)分子量的測定方法有多種,如滲透壓法、光散射法、超速離心法、凝膠色譜法及聚丙烯酰胺凝膠電泳等。目前,在實驗室中應(yīng)用最多的是聚丙烯酰胺凝膠電泳。近年來質(zhì)譜技術(shù)領(lǐng)域成績斐然,電噴霧離子化技術(shù)日益成熟,使得質(zhì)譜不僅可以測定小分子物質(zhì)的分子量,而且也可以測定生物大分子物質(zhì)的分子量,靈敏度、準(zhǔn)確度為各種方法之首。

基質(zhì)輔助激光解析電離飛行時間質(zhì)譜(MALDI-TOF-MS)是近年來發(fā)展起來的一種新型的軟電離生物質(zhì)譜，具有樣品消耗量少、靈敏度高、測定速度快、易于實現(xiàn)高通量、可對蛋白進(jìn)行大規(guī)模的鑒定及生物大分子的分子量測定等特點，為蛋白質(zhì)研究提供了一種強有力的分析測試手段。簡便，直觀，可直接對大分子混合物進(jìn)行測定，并且基本不產(chǎn)生碎片峰是MALDI-TOF-MS的優(yōu)勢，因此這項技術(shù)在生物大分子分子量測定中得到廣泛應(yīng)用。MALDI-TOF-MS儀器主要由兩部分組成：基質(zhì)附助激光解吸電離離子源（MALDI）和飛行時間質(zhì)量分析器（TOF）。MALDI的原理是用激光照射樣品與基質(zhì)形成的共結(jié)晶薄膜，基質(zhì)從激光中吸收能量傳遞給生物分子，而使生物分子電離的過程。它是一種軟電離技術(shù)，適用于混合物及生物大分子的測定。TOF的原理是離子在電場作用下加速飛過飛行管道，根據(jù)到達(dá)檢測器的飛行時間不同而被檢測即測定離子的質(zhì)荷比（M/Z）與離子的飛行時間成正比，從而實現(xiàn)對離子的檢測。MALDI-TOF的準(zhǔn)確度高達(dá)0.1%-0.01%，遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于目前常規(guī)應(yīng)用的SDS電泳與高效凝膠色譜技術(shù)，目前可測定生物大分子的分子量范圍為700-600000Da。

注意：膠粒樣品或者轉(zhuǎn)移到PVDF膜上的樣品不適合于分子量測定實驗。