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轉(zhuǎn)錄本非常多樣和復(fù)雜，絕大多數(shù)基因不符合“一基因一轉(zhuǎn)錄本”的模式，這些基因往往存在多種剪切形式。通過二代測序，我們可以很準(zhǔn)確地進(jìn)行基因的表達(dá)及定量的研究，但是受限于讀長的限制，不能得到全長轉(zhuǎn)錄本的信息。

基于二代測序平臺的轉(zhuǎn)錄組產(chǎn)品，首先是把RNA打成小的短片斷進(jìn)行測序，然后再通過生物信息的方法進(jìn)行拼接，將拼接后的序列交付給客戶。但是基于二代測序平臺的轉(zhuǎn)錄組，由于讀長的限制（PE150），在轉(zhuǎn)錄本組裝的過程中會存在較多的嵌合體，并且不能準(zhǔn)確地得到完整轉(zhuǎn)錄本的信息，從而會大大降低表達(dá)量、可變剪接、基因融合等分析的準(zhǔn)確性。

三代全長轉(zhuǎn)錄組測序，即利用PacBio三代測序平臺對某一物種的mRNA進(jìn)行測序研究。它以平均超長讀長10-15kb的優(yōu)勢、結(jié)合多片段文庫篩選技術(shù)，實現(xiàn)了無需拼接的轉(zhuǎn)錄本分析，克服了傳統(tǒng)二代轉(zhuǎn)錄組Unigene拼接較短、轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)不完整的缺陷，也由于其可直接獲得單個RNA分子從5’端到3’端的高質(zhì)量全部轉(zhuǎn)錄組信息而得名。目前基于PacBio的單分子實時測序技術(shù)，目前平均讀長已經(jīng)達(dá)到10Kb以上，最長可達(dá)80Kb，轉(zhuǎn)錄組測序不再需要組裝，就可以直接得到全長轉(zhuǎn)錄本的信息。

三代轉(zhuǎn)錄組具體優(yōu)勢說明如下：
a.超長讀長（平均讀長10-15K，最長讀長80K），可一次將真核生物的全長轉(zhuǎn)錄本信息讀取完整；
b.無需進(jìn)行片段打斷和拼接，避免出現(xiàn)組裝錯誤；
c.基于全長轉(zhuǎn)錄組測序得到的完整準(zhǔn)確的轉(zhuǎn)錄本信息，結(jié)合二代數(shù)據(jù)，方便識別特異性表達(dá)且做更加精確的基因和轉(zhuǎn)錄本表達(dá)定量。
d.針對有參考基因組的物種，全長轉(zhuǎn)錄組信息可以糾正基因組的錯誤組裝、更準(zhǔn)確地發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本和基因、分析基因融合事件等。
e.無需鏈特異性建庫，全長轉(zhuǎn)錄組測序可直接獲取正義鏈、反義鏈及部分LncRNA信息。

圖2. 三代全長轉(zhuǎn)錄組測序優(yōu)勢概覽