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探針是一小段單鏈DNA或者RNA片段（大約是20到500bp），用于檢測(cè)與其互補(bǔ)的核酸序列，稱(chēng)為DNA探針，RNA探針。

DNA探針根據(jù)其來(lái)源有3種：一種來(lái)自基因組中有關(guān)的基因本身，稱(chēng)為基因組探針（genomic probe）；另一種是從相應(yīng)的基因轉(zhuǎn)錄獲得了mRNA，再通過(guò)逆轉(zhuǎn)錄得到的探針，稱(chēng)為cDNA探針（cDNA probe）。與基因組探針不同的是，cDNA探針不含有內(nèi)含子序列；第三種，在體外人工合成堿基數(shù)不多的與基因序列互補(bǔ)的DNA片段，稱(chēng)為寡核苷酸探針。

RNA探針，根據(jù)在RNA雜交中所使用的探針依其來(lái)源可分為三種：即特異性cDNA、cRNA探針和人工合成寡核苷酸探針。cRNA探針，是以cDNA為模板，通過(guò)體外轉(zhuǎn)錄而獲得的。cRNA與RNA之間形成的雜交體要比cDNA-RNA雜交體穩(wěn)定。

為了確定探針是否與相應(yīng)的核苷酸雜交，有必要對(duì)探針加以標(biāo)記，以便在結(jié)合部位獲得可識(shí)別的信號(hào)。探針的標(biāo)記方式有放射性標(biāo)記和非放射性標(biāo)記。標(biāo)記物質(zhì)有放射性元素（如32P等）和非放射性物質(zhì)（如生物素、地高辛等）。