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蛋白質(zhì)是生命的物質(zhì)基礎(chǔ)，對蛋白的研究往往是在大規(guī)模水平上研究蛋白質(zhì)的特征，從蛋白質(zhì)的表達(dá)水平、翻譯后修飾及蛋白間互做的方面進(jìn)行分析，也稱為蛋白組學(xué)分析。

?認(rèn)識蛋白質(zhì)要首先從了解蛋白質(zhì)的性質(zhì)入手，即蛋白組定性分析。除了利用蛋白質(zhì)分析軟件對其進(jìn)行各類參數(shù)的預(yù)測外，通過儀器設(shè)備分析其等電點(diǎn)、分子量、一級結(jié)構(gòu)、二級結(jié)構(gòu)進(jìn)行驗(yàn)證分析，對蛋白質(zhì)進(jìn)行全方位的解析之后，進(jìn)一步推斷蛋白質(zhì)的功能和作用機(jī)理。

蛋白質(zhì)定性分析通常是指利用質(zhì)譜色譜等方法進(jìn)行蛋白質(zhì)鑒定和序列分析。

根據(jù)使用儀器可分為：MALDI-TOF/TOF、LC-ESI-MS/MS。

根據(jù)樣本類型可分為：蛋白質(zhì)全譜分析（即shotgun分析） 、蛋白質(zhì)膠條/混合液分析、蛋白質(zhì)膠點(diǎn)分析。

蛋白質(zhì)全譜分析
定義：蛋白質(zhì)全譜分析也可稱為質(zhì)譜shotgun分析，是指組分分析，能夠鑒定出盡可能多的肽和蛋白質(zhì)分子。
原理：將溶液內(nèi)蛋白質(zhì)分子或SDS-PAGE條帶的復(fù)雜混合物酶解成肽段混合物，通過液相色譜分離。串聯(lián)質(zhì)譜測試，最后用相應(yīng)的數(shù)據(jù)庫進(jìn)行檢索匹配，可同時(shí)鑒定成百上千種蛋白質(zhì)。主要應(yīng)用于某一生理狀態(tài)下組織、細(xì)胞或者細(xì)胞器中所有表達(dá)蛋白質(zhì)的鑒定。

蛋白質(zhì)膠條/混合液鑒定
定義：利用LC-ESI-MS/MS蛋白鑒定技術(shù)對膠條樣本（即SDS-PAGE樣本）、IP、Co-IP、Pull-down等純化溶液等中等復(fù)雜樣本進(jìn)行蛋白鑒定。
原理：利用電噴霧（ESI）技術(shù)將樣品以離子化的方式從液滴表面蒸發(fā)，進(jìn)入質(zhì)量分析器。主要應(yīng)用于蛋白質(zhì)或多肽鑒定。

蛋白質(zhì)膠點(diǎn)鑒定
定義：利用MALDI-TOF/TOF蛋白鑒定技術(shù)對考/銀染的2D或DIGE膠點(diǎn)樣本或者較純的蛋白樣本進(jìn)行蛋白鑒定。
原理： MALDI-TOF/TOF（Matrix – Assisted Laser Desorptiob/Ionization Time of Flight Mass Spectrometry，基質(zhì)輔助激光解析電離飛行時(shí)間質(zhì)譜）MALDI的原理是將樣品均勻包埋在基質(zhì)中，基質(zhì)吸收激光提供的能量而蒸發(fā)，攜帶部分樣品分子進(jìn)入氣相，并將一部分能量傳遞給樣品分子使其離子化。TOF的原理是離子在電場作用下加速飛過飛行管道，根據(jù)到達(dá)檢測器的飛行時(shí)間不同而被檢測，即測定離子的質(zhì)荷比（M/Z）與離子的飛行時(shí)間成正比，從而檢測離子。 也主要應(yīng)用于蛋白質(zhì)或多肽鑒定。

主要相關(guān)分析包括：