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數(shù)字PCR(也可稱單分子PCR) 一般包括兩部分內(nèi)容，即PCR擴增和熒光信號分析。在PCR 擴增階段，與傳統(tǒng)技術不同，數(shù)字PCR一般需要將樣品稀釋到單分子水平，并平均分配到幾十至幾萬個單元中進行反應。不同于qPCR 對每個循環(huán)進行實時熒光測定的方法，數(shù)字 PCR 技術是在擴增結束后對每個反應單元的熒光信號進行采集。最后通過直接計數(shù)或泊松分布公式計算得到樣品的原始濃度或含量。

與qPCR不同的是，數(shù)字PCR不依賴于CT值，因此不受擴增效率影響，擴增結束后通過直接計數(shù)或泊松分布公式來計算每個反應單元的平均濃度(含量)，能夠將誤差控制在5%以內(nèi)，數(shù)字 PCR 可以不需要對照標準樣品和標準曲線來實現(xiàn)絕對定量分析。