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基因組甲基化測(cè)序
（Whole-genome bisulfite sequencing）

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技術(shù)待認(rèn)領(lǐng)

技術(shù)概述

DNA甲基化是重要的表觀遺傳學(xué)標(biāo)記信息，獲得全基因組范圍內(nèi)所有C位點(diǎn)的甲基化水平數(shù)據(jù)，對(duì)表觀遺傳學(xué)的時(shí)空特異性研究具有重要意義。WGBS（Whole-genome bisulfite sequencing）被視為甲基化測(cè)序的“金標(biāo)準(zhǔn)”。其原理是用 Bisulfite 處理，將基因組中未發(fā)生甲基化的 C 堿基轉(zhuǎn)換成 U，進(jìn)行PCR擴(kuò)增后變成T，與原本具有甲基化修飾的 C 堿基區(qū)分開(kāi)來(lái)，再結(jié)合高通量測(cè)序技術(shù)，與參考序列比對(duì)，即可判斷 CpG/CHG/CHH 位點(diǎn)是否發(fā)生甲基化，特別適用于繪制單堿基分辨率的全基因組 DNA 甲基化圖譜。

（資料來(lái)源：歐易生物、安諾基因）

技術(shù)詳情

1、為什么 WGBS 所得的 raw data 產(chǎn)量和 Q30 比例較全基因組重測(cè)序的低

因?yàn)樵?WGBS 建庫(kù)過(guò)程中，非甲基化的 C 會(huì)轉(zhuǎn)化為 U（測(cè)序過(guò)程中呈現(xiàn)為 T），因此 WGBS 文庫(kù)處于堿基不平衡的狀態(tài)（read1 中 C 含量極低、read2 中 G 含量極低）。而 Illumina 測(cè)序儀在 cluster 定位過(guò)程中會(huì)過(guò)濾較高比例的 cluster，使得 raw data 產(chǎn)量降低；另外由于 GC 含量較低，測(cè)序過(guò)程中質(zhì)量值也較容易下降。

（歐易生物編輯）

2、哪些因素會(huì)影響WGBS結(jié)果

樣品 DNA 質(zhì)量、Bisulfite 處理過(guò)程、測(cè)序深度、測(cè)序質(zhì)量等都會(huì)影響到最終的結(jié)果。

（歐易生物編輯）

3、怎樣保證 Bisulfite 對(duì) DNA 處理的完全性？

目前我們建立了標(biāo)準(zhǔn)實(shí)驗(yàn)流程，確保 Bisulfite 對(duì) DNA 的處理達(dá)到生物信息分析要求。我們的標(biāo)準(zhǔn)實(shí)驗(yàn)流程是在以標(biāo)準(zhǔn)品DNA 和 H19 等基因位點(diǎn)的多個(gè)質(zhì)量控制步驟下進(jìn)行嚴(yán)格控制的。

（歐易生物編輯）

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